penyebab utama diusirnya bangsa Portugis dari Maluku oleh Sultan Baabullah adalah

melanggar perjanjian yg dibuat oleh portugi dan sultan baabullah tak lupa rakyat maluku

intimidasi dan teror selain monopoli perdagangan, juga berupaya memusnahkan rempah-rempah daerah itu. Dan yang terpenting dari semuanya mereka ingin mencengkeramkan kuku penjajahannya sebagai coquisyador (perampasan negeri). Yang lebih mengharukan lagi adalah "inkuisisi" yang menyedihkan terjadi bagi rakyat Maluku termasuk keluarga kerajaan.